Michael Loeken wurde 1954 in Neviges geboren. Er studierte Theater-, Film- und Fernsehwissenschaft in Köln. Bereits 1981 übernahm er Buch und Regie bei dem Dokumentarfilm Ich hatte schon begonnen, die Freiheit zu vergessen. Von 1982 bis 1996 war er als Tonmeister bei zahlreichen Dokumentar-, Spielfilm- und Kinoproduktionen tätig.
Seit 1996 arbeitet er gemeinsam mit Ulrike Franke als Autor, Regisseur und Produzent. Zusammen bilden sie die Filmproduktion Loeken|Franke. Darüber hinaus ist er als Dozent tätig, u. a. an der ZDF Medienakademie, der ifs Köln und dem Filmhaus Köln, sowie als Jurymitglied für Institutionen wie das Filmbüro NW, den Deutschen Schnittpreis und die Filmstiftung NW.
Seine Arbeit ist geprägt von projektbezogenen Kooperationen mit Künstler*innen aus anderen Disziplinen, darunter Rimini Protokoll, die Ruhrfestspiele Recklinghausen, das Schauspielhaus Bochum und das Theater Dortmund.